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Nació el 27 de enero de 1820, en Tabe, Jadacaquive, Península de Paraguaná, territorio del actual estado Falcón. Se inició en la milicia defendiendo el gobierno del General José Tadeo Monagas. Su primer combate lo realizó en la Batalla de Taratara, el 6 de abril de 1848, contra el General Judas Tadeo Piñango, partidario de Páez. Se destacó en el combate de La Bacoa, Coro, y como jefe de una columna venció al General Francisco Carmona, el 18 de agosto de 1849.
Debido a la inestabilidad del gobierno de Julián Castro, se llevaron a cabo rebeliones y conflictos en el país. Falcón y Zamora, quienes se abstuvieron de participar en la Revolución de Marzo eran acosados y perseguidos; es por ello que Falcón se exilia hacia las islas de Bonaire y Curazao para el año 1858. Desde allí se puso al frente de una revolución, cuya jefatura le fue aceptada por la mayoría de los jefes liberales dentro y fuera del país.
En marzo de 1859 comenzó a preparar una invasión por la Vela de Coro, pero en ésta no venía él por medida de seguridad. Una vez que recibe noticias de los triunfos que se están obteniendo en la Guerra Federal y por temor a quedar desplazado por Zamora, Falcón decide regresar a Venezuela. El 24 de julio desembarcó en Palma Sola, cerca de El Palito y asume como Comandante General de los Ejércitos de la Federación. Tras la muerte de Zamora en San Carlos, el 10 de enero de 1860, Falcón asumió la jefatura política y militar de la Revolución Federal.
En 1863 fue nombrado presidente provisional de la República. El 21 de enero de 1864 se juramentó como Presidente, en este periodo publicó el Decreto de Garantías, abolió la pena de muerte y promulgó la Constitución federal. En octubre de ese mismo año fue elegido presidente constitucional, en su gobierno eliminó la prisión por deudas y decretó el voto universal para los Poderes Ejecutivo y Legislativo.
El 29 de abril de 1870, Juan Crisóstomo Falcón fallece en una habitación del hotel Toulouse de Fort-de-France (Martinica), como consecuencia de un cáncer en la laringe. Para el 1 de mayo de 1874 por un decreto legislativo, sus restos fueron trasladados a el Panteón Nacional.
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