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Dicha cuidad fue establecida en época pre-republicana, en plena colonización española. Su nombre fue dado en honor al Infante Fernando de Borbón (rey de España entre marzo y mayo de 1808). Durante 1859, tras la Guerra Federal, el ejército incendio gran parte de la cuidad llevándola casi al borden de la extinción.
A partir del siglo XX se desarrolló económicamente con la construcción de fábricas de alimentos, velas, hielo, distribuidoras de plumas de garzas, entre otros. Mantenía una fuerte relación comercial con Europa, el mayor destino de los productos exportados. Esta actividad decayó fuertemente al disminuir la demanda en las exportaciones, a partir de mediados del siglo XX, cuando se concentró la industria en el norte del país.