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Si bien se mostró en un principio favorable a la emancipación de Venezuela, a partir de 1812 emprendió, por resentimiento contra los independentistas, una lucha a muerte contra ellos, sin ninguna conexión con la autoridad española, pero invocando nominalmente la autoridad del rey.
José Tomás Boves, acaudilló una vasta guerrilla de llaneros, indios y esclavos negros. Con la extraordinaria movilidad de sus fuerzas, que llegaron a sumar hasta veinte mil hombres, persiguió por todo el territorio a las fuerzas patrióticas: fue el único militar que derrotó a Simón Bolívar en dos ocasiones, obligándolo a buscar refugio en Cartagena de Indias.
El 8 de julio de 1814 arrasó Caracas y liquidó la segunda república venezolana. Murió el 5 de diciembre del mismo año en la batalla de Urica. Implacable y cruel, su guerrilla (parte de la cual se incorporó más tarde a los ejércitos de Bolívar, bajo el mando de José Antonio Páez) fue sin duda el más insólito de los ejércitos que participaron en las guerras de la independencia americana.