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Enseguida, con este título en la mano, se marchó a la Universidad Gregoriana de Roma para continuar los estudios de filosofía y los de teología. Allá, en la ciudad eterna, fue huésped del colegio Pío Latinoamericano. Y, en 1926, los estudios realizados en esta universidad, por el joven José Humberto, lo hicieron acreedor al título de Doctor en Sagrada Teología. Con este título regresa a Venezuela y en Mérida, su ciudad natal, el 22 de agosto ese mismo años de 1926, fue ordenado sacerdote por el nuncio apostólico, Felipe Cortesi.
Así las cosas. Su Ministerio Sacerdotal comenzó con otro viaje a Roma; fue a estudiar todo lo concerniente al Derecho Canónigo. En 1928, ya culminados sus estudios, regresó a Mérida y continuó su ministerio como teniente cura de Santa Cruz de Mora (estado Mérida). Más temprano que tarde, monseñor Acacio Chacón designó a José Humberto, como su secretario de cámara y gobierno. Y al mismo tiempo, el novel sacerdote, se desempeñó como maestro de ceremonias de la Catedral, como vicario general del arzobispado y como canónigo magistral del Cabido Eclesiástico de Mérida. Asimismo, durante veinticinco años (desde 1928 hasta 1953), este ferviente sacerdote fue jefe del servicio de las capellanías militares, institución que ayudó a organizar.
En 1953 (el 6 de septiembre, específicamente), el sacerdote José Humberto Quintero fue consagrado arzobispo, con derecho a sucesión del arzobispo de Mérida Acacio Chacón. Pero, ante el trágico fallecimiento (accidente de tránsito) de monseñor Rafael Arias Blanco (ocurrido el 30 de septiembre de 1959, en Barcelona, estado Anzoátegui), el papa Juan XXIII (Angelo Giuseppe Roncalli) lo designó como nuevo arzobispo de Caracas, el 31 de agosto de 1960 y tomó posesión el 8 de octubre del mismo año. Y, al año siguiente (el 16 de enero de 1961) fue elevado a la dignidad de cardenal y se convirtió, desde ese día, en el primer cardenal de Venezuela.